| Segunda etapa | 12.07.2016 | Vardar Skopje | - | Dinamo Zagreb | 1:2 | ||||
| Segunda etapa | 20.07.2016 | Dinamo Zagreb | - | Vardar Skopje | 3:2 | ||||
| Tercera ronda | 26.07.2016 | Dinamo Zagreb | - | Dinamo Tbilisi | 2:0 |  |
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| Tercera ronda | 02.08.2016 | Dinamo Tbilisi | - | Dinamo Zagreb | 0:1 | ||||
| Playoffs | 16.08.2016 | Dinamo Zagreb | - | RB Salzburg | 1:1 | |
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| Playoffs | 24.08.2016 | RB Salzburg | - | Dinamo Zagreb | 1:2 pró. | |
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