| 2. Jornada | 26.09.1999 | AEK Athen | - | Panathinaikos | 1:2 | ||||
| 6. Jornada | 31.10.1999 | Panathinaikos | - | Iraklis Saloniki | 3:0 |  |
|||
| 8. Jornada | 21.11.1999 | Panathinaikos | - | Olympiacos | 2:0 | ||||
| 10. Jornada | 05.12.1999 | Panathinaikos | - | Aris Saloniki | 3:0 | ||||
| 11. Jornada | 13.12.1999 | OFI Heraklion | - | Panathinaikos | 3:4 | ||||
| 12. Jornada | 23.12.1999 | Skoda Xanthi | - | Panathinaikos | 1:3 | ||||
| 16. Jornada | 22.01.2000 | Apollon Smyrnis | - | Panathinaikos | 0:3 | ||||
| 17. Jornada | 30.01.2000 | Panathinaikos | - | AO Kavala | 3:0 |  |
|
||
| 18. Jornada | 06.02.2000 | AO Trikala | - | Panathinaikos | 1:3 | |
|||
| 20. Jornada | 20.02.2000 | PAOK Saloniki | - | Panathinaikos | 1:3 | ||||
| 22. Jornada | 05.03.2000 | Panathinaikos | - | Ethnikos Asteras | 4:0 | |
|||
| 24. Jornada | 19.03.2000 | Panathinaikos | - | Paniliakos Pyrgos | 3:1 | |
|||
| 26. Jornada | 02.04.2000 | Panathinaikos | - | Ionikos Nikea | 5:0 | ||||
| 27. Jornada | 12.04.2000 | Aris Saloniki | - | Panathinaikos | 0:2 | |
|||
| 29. Jornada | 22.04.2000 | Panathinaikos | - | Skoda Xanthi | 2:1 | ||||
| 32. Jornada | 14.05.2000 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 0:4 | ||||
| 34. Jornada | 28.05.2000 | AO Kavala | - | Panathinaikos | 1:4 | |
Grecia