| 1. Jornada | 31.08.2008 | Panionios GSS | - | Skoda Xanthi | 0:1 | ||||
| 6. Jornada | 18.10.2008 | Panionios GSS | - | Aris Saloniki | 2:1 | ||||
| 23. Jornada | 21.02.2009 | Panathinaikos | - | Panionios GSS | 2:1 | ||||
| 24. Jornada | 01.03.2009 | Panionios GSS | - | PAOK Saloniki | 1:2 |  |
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| 25. Jornada | 07.03.2009 | Iraklis Saloniki | - | Panionios GSS | 2:1 | ||||
| 26. Jornada | 15.03.2009 | Levadiakos | - | Panionios GSS | 1:1 | ||||
| 27. Jornada | 22.03.2009 | Panionios GSS | - | Olympiacos | 2:3 | |
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| 28. Jornada | 05.04.2009 | AE Lárissa | - | Panionios GSS | 0:0 | |
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| 29. Jornada | 12.04.2009 | Panionios GSS | - | Thrasyvoulos Fylis | 4:1 | ||||
| 30. Jornada | 26.04.2009 | Asteras Tripolis | - | Panionios GSS | 3:4 | |
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