| 2. Jornada | 06.08.2016 | VfR Aalen | - | Holstein Kiel | 1:0 | ||||
| 5. Jornada | 27.08.2016 | Holstein Kiel | - | FSV Zwickau | 3:0 | ||||
| 8. Jornada | 20.09.2016 | MSV Duisburg | - | Holstein Kiel | 0:0 | ||||
| 9. Jornada | 24.09.2016 | Holstein Kiel | - | Mainz II | 3:0 | ||||
| 14. Jornada | 05.11.2016 | Holstein Kiel | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:0 | ||||
| 15. Jornada | 19.11.2016 | Chemnitzer FC | - | Holstein Kiel | 2:2 |  |
|||
| 16. Jornada | 26.11.2016 | Holstein Kiel | - | Jahn Regensburg | 2:1 | ||||
| 17. Jornada | 03.12.2016 | Hansa Rostock | - | Holstein Kiel | 1:4 | ||||
| 21. Jornada | 04.02.2017 | Holstein Kiel | - | VfR Aalen | 2:2 | ||||
| 24. Jornada | 26.02.2017 | FSV Zwickau | - | Holstein Kiel | 1:0 | ||||
| 26. Jornada | 10.03.2017 | VfL Osnabrück | - | Holstein Kiel | 2:1 | |
|||
| 28. Jornada | 18.03.2017 | Mainz II | - | Holstein Kiel | 0:3 | ||||
| 30. Jornada | 01.04.2017 | Werder Bremen II | - | Holstein Kiel | 0:2 | ||||
| 38. Jornada | 20.05.2017 | Holstein Kiel | - | Hallescher FC | 3:0 |
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