| 1. Jornada | 08.01.2012 | Puebla FC | - | Atlas Guadalajara | 0:0 |  |
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| 3. Jornada | 22.01.2012 | Gallos Blancos (old) | - | Atlas Guadalajara | 2:1 |  |
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| 4. Jornada | 29.01.2012 | Atlas Guadalajara | - | Deportivo Toluca | 1:0 | ||||
| 5. Jornada | 04.02.2012 | Estudiantes Tecos | - | Atlas Guadalajara | 0:0 | ||||
| 6. Jornada | 12.02.2012 | Atlas Guadalajara | - | CF América | 1:1 | ||||
| 7. Jornada | 19.02.2012 | UANL Tigres | - | Atlas Guadalajara | 0:0 | ||||
| 8. Jornada | 26.02.2012 | Club San Luis | - | Atlas Guadalajara | 0:1 | ||||
| 9. Jornada | 04.03.2012 | Atlas Guadalajara | - | CF Pachuca | 0:0 | |
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| 10. Jornada | 11.03.2012 | Atlante | - | Atlas Guadalajara | 0:0 | ||||
| 11. Jornada | 18.03.2012 | Atlas Guadalajara | - | Jaguares Chiapas | 0:3 | ||||
| 12. Jornada | 25.03.2012 | Club Tijuana | - | Atlas Guadalajara | 2:0 | ||||
| 13. Jornada | 01.04.2012 | Atlas Guadalajara | - | Pumas UNAM | 0:0 | |
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| 14. Jornada | 07.04.2012 | Monarcas Morelia | - | Atlas Guadalajara | 0:0 | ||||
| 15. Jornada | 15.04.2012 | Atlas Guadalajara | - | CF Monterrey | 1:0 | ||||
| 16. Jornada | 22.04.2012 | Deportivo Guadalajara | - | Atlas Guadalajara | 0:1 | |
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