| 1. Jornada | 02.07.2016 | Águilas Doradas | - | Deportes Tolima | 0:0 |  |
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| 2. Jornada | 09.07.2016 | Fortaleza FC | - | Águilas Doradas | 2:1 |  |
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| 4. Jornada | 16.07.2016 | Once Caldas | - | Águilas Doradas | 1:2 | |
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| 5. Jornada | 23.07.2016 | Águilas Doradas | - | Boyacá Chicó | 2:1 | ||||
| 8. Jornada | 14.08.2016 | Atlético Junior | - | Águilas Doradas | 1:1 | ||||
| 9. Jornada | 21.08.2016 | Águilas Doradas | - | Envigado FC | 1:4 | ||||
| 10. Jornada | 27.08.2016 | Envigado FC | - | Águilas Doradas | 3:1 | |
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| 11. Jornada | 10.09.2016 | Cortuluá | - | Águilas Doradas | 0:1 | |
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| 12. Jornada | 15.09.2016 | Águilas Doradas | - | La Equidad | 4:0 | |
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| 13. Jornada | 18.09.2016 | Atlético Huila | - | Águilas Doradas | 1:2 | |
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| 14. Jornada | 24.09.2016 | Águilas Doradas | - | Independiente Medellín | 2:2 | |
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| 15. Jornada | 30.09.2016 | Patriotas FC | - | Águilas Doradas | 0:1 | |
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| 16. Jornada | 17.10.2016 | Águilas Doradas | - | Santa Fe | 0:4 | ||||
| 17. Jornada | 23.10.2016 | Deportivo Pasto | - | Águilas Doradas | 0:1 | ||||
| 18. Jornada | 29.10.2016 | Águilas Doradas | - | Alianza Petrolera | 0:1 | ||||
| 20. Jornada | 21.11.2016 | Águilas Doradas | - | Deportivo Cali | 1:3 | |
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Colombia