| 1. Jornada | 02.08.2003 | Deportivo Toluca | - | Atlante | 3:4 |  |
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| 2. Jornada | 10.08.2003 | Atlante | - | Deportivo Guadalajara | 2:2 | ||||
| 4. Jornada | 24.08.2003 | Atlante | - | Puebla FC | 3:0 | |
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| 5. Jornada | 31.08.2003 | Pumas UNAM | - | Atlante | 1:1 | |
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| 7. Jornada | 13.09.2003 | Veracruz (old) | - | Atlante | 0:3 | |
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| 6. Jornada | 16.09.2003 | Atlante | - | Cruz Azul | 3:3 | |
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| 8. Jornada | 21.09.2003 | Atlante | - | UAG Tecos | 1:0 | |
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| 9. Jornada | 24.09.2003 | CF Monterrey | - | Atlante | 1:0 | ||||
| 10. Jornada | 28.09.2003 | Atlante | - | CF América | 0:0 | |
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| 11. Jornada | 04.10.2003 | Atlas Guadalajara | - | Atlante | 2:1 | ||||
| 12. Jornada | 12.10.2003 | Atlante | - | Real San Luis | 2:0 | |
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| 13. Jornada | 19.10.2003 | Santos Laguna | - | Atlante | 2:3 | |
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| 14. Jornada | 23.10.2003 | Atlante | - | Club Irapuato | 0:1 | ||||
| 15. Jornada | 26.10.2003 | Atlante | - | Jaguares Chiapas | 3:0 | ||||
| 16. Jornada | 02.11.2003 | CF Pachuca | - | Atlante | 0:0 | ||||
| 17. Jornada | 09.11.2003 | Atlante | - | Monarcas Morelia | 2:2 | |
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| 18. Jornada | 16.11.2003 | Gallos Blancos (old) | - | Atlante | 0:2 | |
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| 19. Jornada | 22.11.2003 | Atlante | - | UANL Tigres | 2:2 | |
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