| 17. Jornada | 17.11.2012 | MFK Ružomberok | - | MŠK Žilina | 1:0 | ||||
| 18. Jornada | 23.11.2012 | MŠK Žilina | - | Zlaté Moravce | 4:1 | ||||
| 19. Jornada | 30.11.2012 | FC Nitra | - | MŠK Žilina | 2:0 | ||||
| 30. Jornada | 23.04.2013 | MŠK Žilina | - | FC Nitra | 1:2 | ||||
| 31. Jornada | 18.05.2013 | FK Dukla Banská Bystrica | - | MŠK Žilina | 1:2 | ||||
| 32. Jornada | 22.05.2013 | MŠK Žilina | - | 1. FC Tatran Prešov | 0:1 | ||||
| 33. Jornada | 26.05.2013 | MFK Košice | - | MŠK Žilina | 2:2 |
Eslovaquia