| 5. Jornada | 18.09.2005 | Hansa Rostock | - | SC Paderborn 07 | 2:0 | ||||
| 6. Jornada | 21.09.2005 | SC Paderborn 07 | - | SpVgg Greuther Fürth | 1:2 | ||||
| 7. Jornada | 25.09.2005 | Dynamo Dresden | - | SC Paderborn 07 | 0:2 | ||||
| 8. Jornada | 02.10.2005 | SC Paderborn 07 | - | Kickers Offenbach | 4:1 | ||||
| 9. Jornada | 14.10.2005 | TSV 1860 München | - | SC Paderborn 07 | 1:0 | ||||
| 10. Jornada | 21.10.2005 | SC Paderborn 07 | - | Eintracht Braunschweig | 3:0 | ||||
| 11. Jornada | 28.10.2005 | VfL Bochum | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | ||||
| 12. Jornada | 06.11.2005 | SC Paderborn 07 | - | SC Freiburg | 1:1 | ||||
| 13. Jornada | 18.11.2005 | SC Paderborn 07 | - | Sportfreunde Siegen | 4:0 | ||||
| 14. Jornada | 27.11.2005 | Alemannia Aachen | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | ||||
| 15. Jornada | 04.12.2005 | SC Paderborn 07 | - | Wacker Burghausen | 1:3 | ||||
| 16. Jornada | 09.12.2005 | Erzgebirge Aue | - | SC Paderborn 07 | 1:0 | ||||
| 17. Jornada | 19.12.2005 | SC Paderborn 07 | - | Karlsruher SC | 2:0 |
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