| 6. Jornada | 25.08.2012 | Preußen Münster | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 |  |
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| 7. Jornada | 28.08.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Chemnitzer FC | 3:2 | ||||
| 8. Jornada | 02.09.2012 | Darmstadt | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 | ||||
| 9. Jornada | 16.09.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Hansa Rostock | 1:2 | ||||
| 18. Jornada | 16.11.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | 1. FC Saarbrücken | 3:0 |  |
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| 19. Jornada | 24.11.2012 | Kickers Offenbach | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:1 | ||||
| 20. Jornada | 01.12.2012 | Karlsruher SC | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 5:2 | ||||
| 22. Jornada | 15.12.2012 | Stuttgarter Kickers | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 | |
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| 24. Jornada | 02.02.2013 | SV Babelsberg 03 | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 2:4 | ||||
| 25. Jornada | 09.02.2013 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Preußen Münster | 3:1 |
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