| 1. Jornada | 15.08.2008 | FC St. Pauli | - | VfL Osnabrück | 2:2 |  |
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| 3. Jornada | 31.08.2008 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Oberhausen | 4:1 | ||||
| 4. Jornada | 12.09.2008 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC St. Pauli | 4:1 |  |
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| 7. Jornada | 05.10.2008 | FC St. Pauli | - | Alemannia Aachen | 3:2 | ||||
| 8. Jornada | 19.10.2008 | Augsburgo | - | FC St. Pauli | 3:2 | ||||
| 18. Jornada | 30.01.2009 | VfL Osnabrück | - | FC St. Pauli | 2:2 |  |
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| 21. Jornada | 23.02.2009 | FC St. Pauli | - | 1. FC Kaiserslautern | 2:0 |
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