| 5. Jornada | 19.09.2008 | MSV Duisburg | - | Alemannia Aachen | 3:2 |  |
|||
| 6. Jornada | 29.09.2008 | 1. FC Nürnberg | - | MSV Duisburg | 0:1 | ||||
| 7. Jornada | 03.10.2008 | SC Freiburg | - | MSV Duisburg | 2:0 | ||||
| 8. Jornada | 19.10.2008 | MSV Duisburg | - | Ingolstadt | 6:1 | ||||
| 9. Jornada | 26.10.2008 | Mainz | - | MSV Duisburg | 0:0 | ||||
| 10. Jornada | 29.10.2008 | MSV Duisburg | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 11. Jornada | 02.11.2008 | TuS Koblenz | - | MSV Duisburg | 1:1 | ||||
| 12. Jornada | 09.11.2008 | MSV Duisburg | - | Rot Weiss Ahlen | 0:1 | ||||
| 13. Jornada | 16.11.2008 | SpVgg Greuther Fürth | - | MSV Duisburg | 4:3 | ||||
| 29. Jornada | 24.04.2009 | Rot Weiss Ahlen | - | MSV Duisburg | 0:2 | ||||
| 34. Jornada | 24.05.2009 | MSV Duisburg | - | VfL Osnabrück | 4:1 |
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