| 2. Jornada | 13.09.2008 | Panathinaikos | - | Panthrakikos | 3:0 | ||||
| 3. Jornada | 20.09.2008 | Aris Saloniki | - | Panathinaikos | 1:2 |  |
|||
| 5. Jornada | 05.10.2008 | Panathinaikos | - | Levadiakos | 2:0 | ||||
| 6. Jornada | 19.10.2008 | PAOK Saloniki | - | Panathinaikos | 0:0 | |
|||
| 4. Jornada | 29.10.2008 | Panathinaikos | - | Ergotelis | 2:3 | |
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| 8. Jornada | 01.11.2008 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 1:2 | ||||
| 12. Jornada | 29.11.2008 | Panathinaikos | - | Asteras Tripolis | 1:1 | ||||
| 14. Jornada | 14.12.2008 | Panathinaikos | - | Panserraikos | 3:0 | ||||
| 15. Jornada | 21.12.2008 | OFI Heraklion | - | Panathinaikos | 0:3 | ||||
| 17. Jornada | 10.01.2009 | Panthrakikos | - | Panathinaikos | 1:3 | ||||
| 25. Jornada | 07.03.2009 | Panathinaikos | - | AE Lárissa | 3:0 | ||||
| 26. Jornada | 15.03.2009 | Thrasyvoulos Fylis | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 28. Jornada | 05.04.2009 | Panathinaikos | - | Skoda Xanthi | 2:0 | ||||
| 30. Jornada | 26.04.2009 | Panathinaikos | - | OFI Heraklion | 3:1 |
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