| 7. Jornada | 14.09.2008 | FC Thun | - | FC St. Gallen | 4:2 | ||||
| 9. Jornada | 04.10.2008 | FC St. Gallen | - | FC Stade Nyonnais | 3:0 | ||||
| 13. Jornada | 17.11.2008 | FC Lausanne-Sport | - | FC St. Gallen | 0:5 | ||||
| 14. Jornada | 01.12.2008 | FC St. Gallen | - | FC Lugano | 2:1 | ||||
| 15. Jornada | 07.12.2008 | FC Winterthur | - | FC St. Gallen | 0:2 | ||||
| 19. Jornada | 14.03.2009 | FC St. Gallen | - | FC Locarno | 1:0 | ||||
| 20. Jornada | 21.03.2009 | FC La Chaux-de-Fonds | - | FC St. Gallen | 2:2 | ||||
| 21. Jornada | 04.04.2009 | FC St. Gallen | - | FC Thun | 2:1 | ||||
| 22. Jornada | 13.04.2009 | FC St. Gallen | - | FC Schaffhausen | 2:1 | ||||
| 23. Jornada | 18.04.2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC St. Gallen | 1:4 | ||||
| 24. Jornada | 22.04.2009 | Servette FC | - | FC St. Gallen | 1:4 |  |
|||
| 25. Jornada | 25.04.2009 | FC St. Gallen | - | FC Gossau | 4:1 |  |
|||
| 26. Jornada | 03.05.2009 | FC Wil 1900 | - | FC St. Gallen | 1:1 | ||||
| 27. Jornada | 09.05.2009 | FC St. Gallen | - | FC Lausanne-Sport | 4:0 | ||||
| 28. Jornada | 18.05.2009 | FC Concordia Basel | - | FC St. Gallen | 0:1 | ||||
| 29. Jornada | 25.05.2009 | FC Lugano | - | FC St. Gallen | 3:1 | ||||
| 30. Jornada | 30.05.2009 | FC St. Gallen | - | FC Winterthur | 3:2 |
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