| 1. Jornada | 30.07.2016 | Jahn Regensburg | - | Hansa Rostock | 2:0 |  |
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| 2. Jornada | 05.08.2016 | Hansa Rostock | - | Preußen Münster | 1:0 | |
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| 4. Jornada | 13.08.2016 | Hallescher FC | - | Hansa Rostock | 0:0 | ||||
| 10. Jornada | 30.09.2016 | SC Paderborn 07 | - | Hansa Rostock | 0:3 | ||||
| 12. Jornada | 22.10.2016 | MSV Duisburg | - | Hansa Rostock | 0:1 | ||||
| 14. Jornada | 05.11.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Hansa Rostock | 1:1 | |
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| 15. Jornada | 19.11.2016 | Hansa Rostock | - | Werder Bremen II | 1:1 |  |
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| 17. Jornada | 03.12.2016 | Hansa Rostock | - | Holstein Kiel | 1:4 | |
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| 18. Jornada | 10.12.2016 | Rot-Weiß Erfurt | - | Hansa Rostock | 1:2 | ||||
| 19. Jornada | 17.12.2016 | Hansa Rostock | - | Chemnitzer FC | 1:3 |
Austria