| 3. Jornada | 16.08.2008 | Bayern Múnich II | - | Dynamo Dresden | 1:0 |  |
|||
| 4. Jornada | 23.08.2008 | Eintracht Braunschweig | - | Bayern Múnich II | 0:1 | |
|||
| 5. Jornada | 29.08.2008 | Bayern Múnich II | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 6. Jornada | 13.09.2008 | VfR Aalen | - | Bayern Múnich II | 0:0 | ||||
| 7. Jornada | 19.09.2008 | Bayern Múnich II | - | Werder Bremen II | 1:1 | ||||
| 8. Jornada | 27.09.2008 | SC Paderborn 07 | - | Bayern Múnich II | 2:1 | ||||
| 10. Jornada | 18.10.2008 | Fortuna Düsseldorf | - | Bayern Múnich II | 1:1 | ||||
| 11. Jornada | 26.10.2008 | Bayern Múnich II | - | SpVgg Unterhaching | 0:0 | ||||
| 13. Jornada | 02.11.2008 | Bayern Múnich II | - | Jahn Regensburg | 2:2 | ||||
| 14. Jornada | 09.11.2008 | Erzgebirge Aue | - | Bayern Múnich II | 1:1 | ||||
| 15. Jornada | 15.11.2008 | Bayern Múnich II | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | ||||
| 18. Jornada | 06.12.2008 | Bayern Múnich II | - | Stuttgart II | 1:1 | ||||
| 16. Jornada | 16.12.2008 | Kickers Emden | - | Bayern Múnich II | 0:2 | |
|||
| 20. Jornada | 20.12.2008 | 1. FC Union Berlin | - | Bayern Múnich II | 0:0 |
Alemania