| 3. Jornada | 16.08.2008 | Tescoma Zlín | - | Viktoria Žižkov | 1:0 | ||||
| 6. Jornada | 13.09.2008 | Slovan Liberec | - | Tescoma Zlín | 2:1 | ||||
| 7. Jornada | 22.09.2008 | Tescoma Zlín | - | Slavia Praga | 0:3 | ||||
| 8. Jornada | 28.09.2008 | FK Teplice | - | Tescoma Zlín | 2:0 | ||||
| 9. Jornada | 04.10.2008 | Tescoma Zlín | - | Viktoria Plzeň | 2:0 |  |
|||
| 10. Jornada | 19.10.2008 | 1. FK Příbram | - | Tescoma Zlín | 3:0 | ||||
| 11. Jornada | 26.10.2008 | Tescoma Zlín | - | Baník Ostrava | 2:5 | |
|||
| 12. Jornada | 02.11.2008 | Bohemians Praha | - | Tescoma Zlín | 1:0 | ||||
| 13. Jornada | 08.11.2008 | Sparta Praga | - | Tescoma Zlín | 2:0 | ||||
| 15. Jornada | 23.11.2008 | 1. FC Brno | - | Tescoma Zlín | 3:0 | ||||
| 16. Jornada | 29.11.2008 | Tescoma Zlín | - | FK Mladá Boleslav | 0:2 | ||||
| 20. Jornada | 14.03.2009 | Tescoma Zlín | - | Slovan Liberec | 3:3 | ||||
| 27. Jornada | 10.05.2009 | Tescoma Zlín | - | Sparta Praga | 2:1 | ||||
| 28. Jornada | 17.05.2009 | Sigma Olomouc | - | Tescoma Zlín | 1:1 | ||||
| 29. Jornada | 23.05.2009 | Tescoma Zlín | - | 1. FC Brno | 2:1 | ||||
| 30. Jornada | 30.05.2009 | FK Baumit Jablonec | - | Tescoma Zlín | 6:1 |
Eslovaquia