| 3. Jornada | 10.09.2016 | Panionios GSS | - | Asteras Tripolis | 3:0 |  |
|||
| 4. Jornada | 17.09.2016 | Xanthi FC | - | Panionios GSS | 0:2 | ||||
| 5. Jornada | 24.09.2016 | Panionios GSS | - | Veria FC | 1:2 | ||||
| 6. Jornada | 01.10.2016 | AEP Iraklis FC | - | Panionios GSS | 1:2 | ||||
| 7. Jornada | 15.10.2016 | Panionios GSS | - | Olympiacos | 0:2 | ||||
| 8. Jornada | 22.10.2016 | AEK Athen | - | Panionios GSS | 0:0 | ||||
| 9. Jornada | 29.10.2016 | AE Lárissa | - | Panionios GSS | 2:0 | ||||
| 10. Jornada | 06.11.2016 | Panionios GSS | - | PAOK Saloniki | 1:0 | ||||
| 12. Jornada | 27.11.2016 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 30. Jornada | 30.04.2017 | Panionios GSS | - | Levadiakos | 1:3 |
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