| 1. Jornada | 26.08.2012 | OFI Heraklion | - | Skoda Xanthi | 0:0 | ||||
| 2. Jornada | 01.09.2012 | Skoda Xanthi | - | AEK Athen | 1:0 |  |
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| 3. Jornada | 16.09.2012 | AO Kerkyra | - | Skoda Xanthi | 1:1 | |
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| 4. Jornada | 22.09.2012 | Skoda Xanthi | - | PAOK Saloniki | 0:3 | ||||
| 5. Jornada | 30.09.2012 | Platanias Chanion | - | Skoda Xanthi | 3:2 | ||||
| 6. Jornada | 07.10.2012 | Skoda Xanthi | - | Panathinaikos | 1:2 | |
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| 7. Jornada | 20.10.2012 | Olympiacos | - | Skoda Xanthi | 4:0 | ||||
| 8. Jornada | 28.10.2012 | Veria FC | - | Skoda Xanthi | 0:0 | ||||
| 9. Jornada | 04.11.2012 | Skoda Xanthi | - | Levadiakos | 1:0 | ||||
| 10. Jornada | 10.11.2012 | PAS Giannina | - | Skoda Xanthi | 1:0 |  |
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| 11. Jornada | 18.11.2012 | Skoda Xanthi | - | Panthrakikos | 0:0 | |
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| 13. Jornada | 01.12.2012 | Skoda Xanthi | - | Asteras Tripolis | 1:1 | ||||
| 15. Jornada | 16.12.2012 | Aris Saloniki | - | Skoda Xanthi | 0:0 | ||||
| 16. Jornada | 07.01.2013 | Skoda Xanthi | - | OFI Heraklion | 3:0 | ||||
| 17. Jornada | 12.01.2013 | AEK Athen | - | Skoda Xanthi | 1:0 | ||||
| 18. Jornada | 20.01.2013 | Skoda Xanthi | - | AO Kerkyra | 0:0 |
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