| Grupo G | 20.09.2012 | Sporting CP | - | Basilea | 0:0 | ||||
| Grupo G | 25.10.2012 | Videoton FC | - | Basilea | 2:1 | ||||
| Grupo G | 08.11.2012 | Basilea | - | Videoton FC | 1:0 | ||||
| Grupo G | 22.11.2012 | Basilea | - | Sporting CP | 3:0 | ||||
| Grupo G | 06.12.2012 | KRC Genk | - | Basilea | 0:0 | ||||
| Segunda etapa | 21.02.2013 | Dnipro Dnipropetrovsk | - | Basilea | 1:1 | ||||
| Octavos de final | 07.03.2013 | Basilea | - | Zenit | 2:0 | ||||
| Octavos de final | 14.03.2013 | Zenit | - | Basilea | 1:0 | ||||
| Cuartos de final | 04.04.2013 | Tottenham Hotspur | - | Basilea | 2:2 | ||||
| Cuartos de final | 11.04.2013 | Basilea | - | Tottenham Hotspur | 4:1 pn. | ||||
| Semifinales | 02.05.2013 | Chelsea | - | Basilea | 3:1 |  |
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