| 1. Jornada | 07.08.2016 | SpVgg Greuther Fürth | - | TSV 1860 München | 1:0 |  |
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| 8. Jornada | 02.10.2016 | Würzburger Kickers | - | TSV 1860 München | 2:0 | ||||
| 9. Jornada | 16.10.2016 | TSV 1860 München | - | Fortuna Düsseldorf | 1:3 | ||||
| 26. Jornada | 31.03.2017 | Fortuna Düsseldorf | - | TSV 1860 München | 0:1 | ||||
| 27. Jornada | 05.04.2017 | TSV 1860 München | - | Stuttgart | 1:1 | ||||
| 28. Jornada | 09.04.2017 | Erzgebirge Aue | - | TSV 1860 München | 3:0 | ||||
| 29. Jornada | 16.04.2017 | TSV 1860 München | - | SV Sandhausen | 1:1 | ||||
| 30. Jornada | 21.04.2017 | 1. FC Kaiserslautern | - | TSV 1860 München | 1:0 | ||||
| 31. Jornada | 30.04.2017 | TSV 1860 München | - | Eintracht Braunschweig | 0:1 | ||||
| 32. Jornada | 05.05.2017 | Dynamo Dresden | - | TSV 1860 München | 1:2 |  |
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| 34. Jornada | 21.05.2017 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | TSV 1860 München | 2:1 |
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