| 1. Jornada | 30.07.2006 | FK Teplice | - | 1. FC Brno | 0:0 |  |
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| 2. Jornada | 06.08.2006 | 1. FC Brno | - | Tescoma Zlín | 1:0 | ||||
| 6. Jornada | 11.09.2006 | 1. FC Brno | - | Baník Ostrava | 2:1 | ||||
| 7. Jornada | 17.09.2006 | Sigma Olomouc | - | 1. FC Brno | 1:0 | ||||
| 8. Jornada | 23.09.2006 | 1. FC Slovácko | - | 1. FC Brno | 0:0 | ||||
| 9. Jornada | 01.10.2006 | 1. FC Brno | - | FK SIAD Most | 1:1 | |
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| 10. Jornada | 14.10.2006 | Viktoria Plzeň | - | 1. FC Brno | 1:1 | |
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| 11. Jornada | 23.10.2006 | 1. FC Brno | - | FK Mladá Boleslav | 2:0 | ||||
| 12. Jornada | 28.10.2006 | Sparta Praga | - | 1. FC Brno | 2:0 | |
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| 14. Jornada | 12.11.2006 | SK Kladno | - | 1. FC Brno | 3:0 |  |
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| 18. Jornada | 11.03.2007 | 1. FC Brno | - | Dynamo České Budějovice | 5:0 |
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