| Primera etapa | 15.09.2005 | Basilea | - | Široki Brijeg | 5:0 |  |
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| Primera etapa | 29.09.2005 | Široki Brijeg | - | Basilea | 0:1 | ||||
| Grupo E | 20.10.2005 | Basilea | - | RC Strasbourg | 0:2 | ||||
| Grupo E | 03.11.2005 | Crvena Zvezda | - | Basilea | 1:2 | |
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| Grupo E | 01.12.2005 | Basilea | - | Tromsø IL | 4:3 | |
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| Grupo E | 14.12.2005 | Roma | - | Basilea | 3:1 | ||||
| Tercera ronda | 15.02.2006 | Basilea | - | Mónaco | 1:0 | ||||
| Tercera ronda | 23.02.2006 | Mónaco | - | Basilea | 1:1 | ||||
| Octavos de final | 09.03.2006 | Basilea | - | RC Strasbourg | 2:0 | |
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| Octavos de final | 16.03.2006 | RC Strasbourg | - | Basilea | 2:2 | ||||
| Cuartos de final | 30.03.2006 | Basilea | - | Middlesbrough | 2:0 | |
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| Cuartos de final | 06.04.2006 | Middlesbrough | - | Basilea | 4:1 |
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