| 14. Jornada | 09.11.2008 | Hajduk Split | - | NK Zagreb | 4:0 | ||||
| 15. Jornada | 16.11.2008 | NK Zagreb | - | Slaven Belupo | 2:0 | ||||
| 16. Jornada | 23.11.2008 | NK Osijek | - | NK Zagreb | 0:2 |  |
|||
| 17. Jornada | 30.11.2008 | NK Zagreb | - | HNK Šibenik | 0:4 | ||||
| 18. Jornada | 07.12.2008 | Dinamo Zagreb | - | NK Zagreb | 3:1 | ||||
| 19. Jornada | 22.02.2009 | NK Zagreb | - | NK Inter Zaprešić | 0:1 | ||||
| 20. Jornada | 01.03.2009 | NK Croatia Sesvete | - | NK Zagreb | 1:4 | |
|||
| 21. Jornada | 08.03.2009 | NK Zagreb | - | HNK Cibalia | 0:0 | ||||
| 22. Jornada | 15.03.2009 | NK Zadar | - | NK Zagreb | 2:1 |  |
|||
| 23. Jornada | 22.03.2009 | Hajduk Split | - | NK Zagreb | 2:0 | |
|||
| 24. Jornada | 05.04.2009 | NK Varteks | - | NK Zagreb | 1:2 | ||||
| 25. Jornada | 11.04.2009 | NK Zagreb | - | NK Osijek | 1:0 | |
|||
| 27. Jornada | 22.04.2009 | NK Zagreb | - | HNK Cibalia | 4:0 | ||||
| 28. Jornada | 26.04.2009 | HNK Šibenik | - | NK Zagreb | 2:1 | ||||
| 29. Jornada | 03.05.2009 | NK Zagreb | - | NK Inter Zaprešić | 1:0 | ||||
| 30. Jornada | 10.05.2009 | Slaven Belupo | - | NK Zagreb | 2:1 | ||||
| 31. Jornada | 17.05.2009 | NK Zagreb | - | NK Croatia Sesvete | 0:0 | ||||
| 32. Jornada | 24.05.2009 | Dinamo Zagreb | - | NK Zagreb | 0:1 | ||||
| 33. Jornada | 31.05.2009 | NK Zagreb | - | NK Zadar | 3:1 |
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