| 17. Jornada | 01.03.2025 | SFC Opava | - | FK Varnsdorf | 0:1 | ||||
| 18. Jornada | 09.03.2025 | FK Varnsdorf | - | Zbrojovka Brno | 0:3 | ||||
| 19. Jornada | 16.03.2025 | FK Varnsdorf | - | AC Sparta Praha B | 2:1 | ||||
| 20. Jornada | 29.03.2025 | MFK Chrudim | - | FK Varnsdorf | 2:1 | ||||
| 21. Jornada | 06.04.2025 | FK Varnsdorf | - | SK Líšeň | 2:1 | ||||
| 22. Jornada | 12.04.2025 | MFK Vyškov | - | FK Varnsdorf | 2:2 | ||||
| 23. Jornada | 16.04.2025 | FK Varnsdorf | - | FK MAS Táborsko | 1:2 | ||||
| 24. Jornada | 20.04.2025 | Sigma Olomouc B | - | FK Varnsdorf | 0:3 | ||||
| 25. Jornada | 27.04.2025 | FK Varnsdorf | - | 1. SK Prostějov | 1:0 |
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