| 17. Jornada | 10.11.2012 | Wacker Burghausen | - | VfL Osnabrück | 1:1 | ||||
| 18. Jornada | 17.11.2012 | Wacker Burghausen | - | SV Babelsberg 03 | 3:1 | ||||
| 22. Jornada | 15.12.2012 | Chemnitzer FC | - | Wacker Burghausen | 2:1 | ||||
| 23. Jornada | 26.01.2013 | Wacker Burghausen | - | Borussia Dortmund II | 2:2 | ||||
| 24. Jornada | 02.02.2013 | Darmstadt | - | Wacker Burghausen | 0:0 | ||||
| 25. Jornada | 09.02.2013 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Saarbrücken | 2:1 | ||||
| 28. Jornada | 02.03.2013 | SV Wehen Wiesbaden | - | Wacker Burghausen | 1:1 | ||||
| 26. Jornada | 06.03.2013 | Hansa Rostock | - | Wacker Burghausen | 1:0 | ||||
| 21. Jornada | 23.03.2013 | Wacker Burghausen | - | Alemannia Aachen | 2:0 | ||||
| 31. Jornada | 30.03.2013 | Wacker Burghausen | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:0 | ||||
| 33. Jornada | 13.04.2013 | Wacker Burghausen | - | Stuttgarter Kickers | 1:4 | ||||
| 36. Jornada | 04.05.2013 | VfL Osnabrück | - | Wacker Burghausen | 1:0 | ||||
| 37. Jornada | 11.05.2013 | SV Babelsberg 03 | - | Wacker Burghausen | 0:4 |  |
|||
| 38. Jornada | 18.05.2013 | Wacker Burghausen | - | Arminia Bielefeld | 1:0 |  |
Alemania