| 2. Jornada | 30.08.2003 | GS Kallithea | - | Iraklis Saloniki | 1:1 |  |
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| 8. Jornada | 25.10.2003 | Iraklis Saloniki | - | Atromitos | 1:1 | ||||
| 9. Jornada | 02.11.2003 | Aris Saloniki | - | Iraklis Saloniki | 0:0 | |
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| 10. Jornada | 09.11.2003 | Iraklis Saloniki | - | Olympiacos | 1:3 | ||||
| 11. Jornada | 23.11.2003 | PAOK Saloniki | - | Iraklis Saloniki | 2:0 | |
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| 12. Jornada | 30.11.2003 | Iraklis Saloniki | - | Akratitos Liosion | 2:1 | ||||
| 13. Jornada | 07.12.2003 | Iraklis Saloniki | - | AO Proodeftiki | 2:1 | |
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| 15. Jornada | 21.12.2003 | Iraklis Saloniki | - | Skoda Xanthi | 3:0 | ||||
| 16. Jornada | 10.01.2004 | OFI Heraklion | - | Iraklis Saloniki | 2:2 | |
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| 19. Jornada | 31.01.2004 | Iraklis Saloniki | - | Ionikos Nikea | 2:1 | ||||
| 20. Jornada | 08.02.2004 | Iraklis Saloniki | - | AO Egaleo | 2:1 | ||||
| 22. Jornada | 28.02.2004 | Iraklis Saloniki | - | Panionios GSS | 0:3 | |
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| 29. Jornada | 16.05.2004 | Iraklis Saloniki | - | Paniliakos Pyrgos | 0:0 |
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