| 3. Jornada | 11.08.2013 | FC St. Pauli | - | Arminia Bielefeld | 0:1 | ||||
| 10. Jornada | 04.10.2013 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 1:2 | ||||
| 12. Jornada | 25.10.2013 | FC St. Pauli | - | SV Sandhausen | 0:0 | ||||
| 15. Jornada | 24.11.2013 | VfR Aalen | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 17. Jornada | 06.12.2013 | Erzgebirge Aue | - | FC St. Pauli | 0:2 |  |
|||
| 18. Jornada | 16.12.2013 | TSV 1860 München | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 19. Jornada | 20.12.2013 | FC St. Pauli | - | Karlsruher SC | 0:2 | ||||
| 21. Jornada | 15.02.2014 | FC St. Pauli | - | VfL Bochum | 0:1 | ||||
| 22. Jornada | 23.02.2014 | Dynamo Dresden | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 24. Jornada | 09.03.2014 | FSV Frankfurt | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 25. Jornada | 16.03.2014 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 0:2 |  |
|||
| 26. Jornada | 22.03.2014 | FC St. Pauli | - | Ingolstadt | 0:0 | ||||
| 28. Jornada | 28.03.2014 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 2:2 | ||||
| 29. Jornada | 05.04.2014 | SV Sandhausen | - | FC St. Pauli | 2:3 | ||||
| 32. Jornada | 27.04.2014 | FC St. Pauli | - | VfR Aalen | 0:3 | |
Austria
