| 1. Jornada | 01.08.1999 | FC Boby-sport Brno | - | Sigma Olomouc | 1:0 | ||||
| 2. Jornada | 08.08.1999 | Sigma Olomouc | - | CU Bohemians Praha | 0:0 |  |
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| 3. Jornada | 15.08.1999 | Baník Ostrava | - | Sigma Olomouc | 2:2 | ||||
| 4. Jornada | 22.08.1999 | Sigma Olomouc | - | SK Hradec Králové | 2:2 |  |
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| 5. Jornada | 29.08.1999 | Slovan Liberec | - | Sigma Olomouc | 0:0 | ||||
| 6. Jornada | 12.09.1999 | Sigma Olomouc | - | Chmel Blsany | 0:1 | ||||
| 10. Jornada | 17.10.1999 | Viktoria Žižkov | - | Sigma Olomouc | 3:3 | |
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| 11. Jornada | 24.10.1999 | Sigma Olomouc | - | SFC Opava | 2:1 | ||||
| 23. Jornada | 02.04.2000 | Sigma Olomouc | - | FC Dukla Pribram | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 09.04.2000 | FC Petra Drnovice | - | Sigma Olomouc | 1:0 | |
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| 25. Jornada | 16.04.2000 | Sigma Olomouc | - | Viktoria Žižkov | 2:0 | ||||
| 26. Jornada | 22.04.2000 | SFC Opava | - | Sigma Olomouc | 3:0 | ||||
| 27. Jornada | 30.04.2000 | Sigma Olomouc | - | FK Jablonec 97 | 0:0 | ||||
| 28. Jornada | 07.05.2000 | FK Teplice | - | Sigma Olomouc | 2:1 | ||||
| 29. Jornada | 13.05.2000 | Sigma Olomouc | - | Sparta Praga | 1:1 | |
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