| 13. Jornada | 28.10.2006 | Bayer Leverkusen II | - | VfL Osnabrück | 1:2 | ||||
| 14. Jornada | 04.11.2006 | Fortuna Düsseldorf | - | Bayer Leverkusen II | 1:1 | ||||
| 15. Jornada | 08.11.2006 | Bayer Leverkusen II | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:0 |  |
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| 16. Jornada | 11.11.2006 | Dynamo Dresden | - | Bayer Leverkusen II | 4:1 |  |
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| 18. Jornada | 25.11.2006 | Wuppertaler SV | - | Bayer Leverkusen II | 2:0 | |
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| 20. Jornada | 09.12.2006 | Bayer Leverkusen II | - | VfB Lübeck | 0:1 | ||||
| 22. Jornada | 16.02.2007 | Bayer Leverkusen II | - | Hertha II | 2:1 | ||||
| 21. Jornada | 28.02.2007 | Werder Bremen II | - | Bayer Leverkusen II | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 04.03.2007 | Bayer Leverkusen II | - | SV Wilhelmshaven | 1:1 | ||||
| 26. Jornada | 17.03.2007 | Kickers Emden | - | Bayer Leverkusen II | 3:1 | |
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| 29. Jornada | 31.03.2007 | Bayer Leverkusen II | - | Holstein Kiel | 4:0 | |
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| 30. Jornada | 07.04.2007 | Bor. Mönchengladbach II | - | Bayer Leverkusen II | 1:1 | ||||
| 32. Jornada | 21.04.2007 | VfL Osnabrück | - | Bayer Leverkusen II | 3:3 | |
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