| 8. Jornada | 22.09.2012 | 1. FC Slovácko | - | FK Baumit Jablonec | 0:1 |  |
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| 9. Jornada | 01.10.2012 | FK Baumit Jablonec | - | FK Dukla Praha | 2:2 | ||||
| 10. Jornada | 07.10.2012 | FK Baumit Jablonec | - | Dynamo České Budějovice | 2:1 | ||||
| 11. Jornada | 20.10.2012 | Viktoria Plzeň | - | FK Baumit Jablonec | 1:1 | ||||
| 12. Jornada | 27.10.2012 | FK Baumit Jablonec | - | Slavia Praga | 0:0 | ||||
| 13. Jornada | 02.11.2012 | Vysočina Jihlava | - | FK Baumit Jablonec | 0:1 | ||||
| 14. Jornada | 10.11.2012 | FK Baumit Jablonec | - | FK Mladá Boleslav | 2:3 |  |
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| 22. Jornada | 07.04.2013 | FK Baumit Jablonec | - | 1. FC Slovácko | 4:1 | ||||
| 23. Jornada | 13.04.2013 | FK Dukla Praha | - | FK Baumit Jablonec | 5:1 | ||||
| 24. Jornada | 19.04.2013 | Dynamo České Budějovice | - | FK Baumit Jablonec | 2:1 | ||||
| 25. Jornada | 27.04.2013 | FK Baumit Jablonec | - | Viktoria Plzeň | 1:3 | ||||
| 26. Jornada | 05.05.2013 | Slavia Praga | - | FK Baumit Jablonec | 5:1 | ||||
| 27. Jornada | 12.05.2013 | FK Baumit Jablonec | - | Vysočina Jihlava | 1:1 | ||||
| 29. Jornada | 26.05.2013 | FK Baumit Jablonec | - | Sigma Olomouc | 2:1 |
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