| 5. Jornada | 26.08.2016 | Vysočina Jihlava | - | FK Teplice | 0:2 | ||||
| 7. Jornada | 17.09.2016 | Vysočina Jihlava | - | FK Jablonec | 1:1 | ||||
| 8. Jornada | 24.09.2016 | 1. FC Slovácko | - | Vysočina Jihlava | 1:1 | ||||
| 9. Jornada | 30.09.2016 | Vysočina Jihlava | - | Bohemians Praha 1905 | 0:2 | ||||
| 10. Jornada | 16.10.2016 | Sparta Praga | - | Vysočina Jihlava | 3:0 | ||||
| 12. Jornada | 29.10.2016 | Zbrojovka Brno | - | Vysočina Jihlava | 1:1 | ||||
| 13. Jornada | 04.11.2016 | Vysočina Jihlava | - | FK Mladá Boleslav | 2:1 | ||||
| 14. Jornada | 18.11.2016 | Vysočina Jihlava | - | FC Fastav Zlín | 1:3 | ||||
| 16. Jornada | 03.12.2016 | Vysočina Jihlava | - | Slovan Liberec | 1:0 | ||||
| 18. Jornada | 24.02.2017 | Vysočina Jihlava | - | FC Hradec Králové | 3:1 | ||||
| 19. Jornada | 04.03.2017 | FK Teplice | - | Vysočina Jihlava | 1:0 | ||||
| 20. Jornada | 11.03.2017 | Vysočina Jihlava | - | MFK Karviná | 2:4 | ||||
| 21. Jornada | 19.03.2017 | FK Jablonec | - | Vysočina Jihlava | 5:0 | ||||
| 30. Jornada | 27.05.2017 | Viktoria Plzeň | - | Vysočina Jihlava | 2:0 |
República Checa