| 17. Jornada | 31.01.2000 | PS Kalamata | - | AEK Athen | 1:1 |  |
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| 18. Jornada | 05.02.2000 | AEK Athen | - | PAOK Saloniki | 2:0 | ||||
| 19. Jornada | 13.02.2000 | Panathinaikos | - | AEK Athen | 1:0 | |
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| 20. Jornada | 20.02.2000 | AEK Athen | - | Ethnikos Asteras | 2:1 | |
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| 22. Jornada | 05.03.2000 | AEK Athen | - | Paniliakos Pyrgos | 1:0 | ||||
| 23. Jornada | 12.03.2000 | Olympiacos | - | AEK Athen | 3:0 | ||||
| 24. Jornada | 19.03.2000 | AEK Athen | - | Ionikos Nikea | 5:1 | ||||
| 25. Jornada | 25.03.2000 | Aris Saloniki | - | AEK Athen | 1:1 | ||||
| 26. Jornada | 01.04.2000 | OFI Heraklion | - | AEK Athen | 1:2 |  |
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| 27. Jornada | 12.04.2000 | AEK Athen | - | Skoda Xanthi | 4:1 | ||||
| 28. Jornada | 16.04.2000 | Panachaiki GE | - | AEK Athen | 1:1 | ||||
| 29. Jornada | 23.04.2000 | AEK Athen | - | AO Proodeftiki | 3:2 | |
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| 30. Jornada | 03.05.2000 | Panionios GSS | - | AEK Athen | 0:2 | |
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| 31. Jornada | 07.05.2000 | AEK Athen | - | Apollon Smyrnis | 3:0 | ||||
| 32. Jornada | 14.05.2000 | AO Kavala | - | AEK Athen | 0:2 |
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