| 20. Jornada | 12.01.2009 | Pisa Calcio | - | Rimini Calcio | 1:3 | ||||
| 21. Jornada | 17.01.2009 | Brescia Calcio | - | Pisa Calcio | 4:0 | ||||
| 24. Jornada | 07.02.2009 | Modena FC | - | Pisa Calcio | 3:3 |  |
|||
| 25. Jornada | 14.02.2009 | Pisa Calcio | - | AS Livorno | 2:1 | ||||
| 26. Jornada | 17.02.2009 | Vicenza Calcio | - | Pisa Calcio | 0:0 | ||||
| 27. Jornada | 23.02.2009 | Pisa Calcio | - | US Salernitana 1919 | 0:0 | ||||
| 28. Jornada | 28.02.2009 | US Triestina | - | Pisa Calcio | 1:0 | ||||
| 29. Jornada | 07.03.2009 | Pisa Calcio | - | UC AlbinoLeffe | 2:0 |  |
|||
| 30. Jornada | 14.03.2009 | Treviso FBC | - | Pisa Calcio | 0:2 | ||||
| 31. Jornada | 17.03.2009 | Pisa Calcio | - | Empoli | 2:0 | ||||
| 32. Jornada | 21.03.2009 | US Avellino | - | Pisa Calcio | 2:0 | ||||
| 33. Jornada | 29.03.2009 | Pisa Calcio | - | AS Bari | 0:1 | ||||
| 34. Jornada | 04.04.2009 | Ascoli Calcio | - | Pisa Calcio | 1:0 | ||||
| 36. Jornada | 18.04.2009 | AS Cittadella | - | Pisa Calcio | 1:0 | ||||
| 37. Jornada | 25.04.2009 | Frosinone | - | Pisa Calcio | 1:1 | ||||
| 40. Jornada | 15.05.2009 | Pisa Calcio | - | Piacenza Calcio | 1:3 | ||||
| 41. Jornada | 23.05.2009 | Rimini Calcio | - | Pisa Calcio | 1:1 | ||||
| 42. Jornada | 30.05.2009 | Pisa Calcio | - | Brescia Calcio | 0:1 |
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