| 1. Jornada | 27.07.2008 | NK Inter Zaprešić | - | HNK Šibenik | 2:3 | ||||
| 4. Jornada | 17.08.2008 | NK Inter Zaprešić | - | NK Croatia Sesvete | 3:2 | ||||
| 5. Jornada | 24.08.2008 | HNK Cibalia | - | NK Inter Zaprešić | 4:3 |  |
|||
| 7. Jornada | 14.09.2008 | NK Varteks | - | NK Inter Zaprešić | 1:0 | ||||
| 8. Jornada | 21.09.2008 | NK Inter Zaprešić | - | NK Zagreb | 1:1 | ||||
| 10. Jornada | 05.10.2008 | NK Inter Zaprešić | - | Slaven Belupo | 0:0 | ||||
| 11. Jornada | 19.10.2008 | NK Osijek | - | NK Inter Zaprešić | 2:1 | ||||
| 12. Jornada | 26.10.2008 | HNK Šibenik | - | NK Inter Zaprešić | 1:1 | ||||
| 13. Jornada | 02.11.2008 | NK Inter Zaprešić | - | Dinamo Zagreb | 1:3 | ||||
| 16. Jornada | 23.11.2008 | NK Inter Zaprešić | - | HNK Cibalia | 1:2 | ||||
| 18. Jornada | 07.12.2008 | NK Inter Zaprešić | - | NK Varteks | 2:3 | ||||
| 19. Jornada | 22.02.2009 | NK Zagreb | - | NK Inter Zaprešić | 0:1 | ||||
| 22. Jornada | 15.03.2009 | NK Inter Zaprešić | - | NK Osijek | 0:1 | ||||
| 32. Jornada | 24.05.2009 | NK Varteks | - | NK Inter Zaprešić | 0:1 | ||||
| 33. Jornada | 31.05.2009 | NK Inter Zaprešić | - | HNK Rijeka | 3:0 |
Croacia