| 1. Jornada | 31.07.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Fortuna Köln | 0:3 | ||||
| 3. Jornada | 09.08.2016 | 1. FC Magdeburg | - | SC Paderborn 07 | 3:0 |  |
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| 4. Jornada | 13.08.2016 | VfL Osnabrück | - | 1. FC Magdeburg | 3:2 | |
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| 5. Jornada | 26.08.2016 | 1. FC Magdeburg | - | MSV Duisburg | 1:2 | ||||
| 2. Jornada | 01.09.2016 | FSV Zwickau | - | 1. FC Magdeburg | 0:0 | ||||
| 6. Jornada | 10.09.2016 | Mainz II | - | 1. FC Magdeburg | 1:0 | ||||
| 8. Jornada | 21.09.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Werder Bremen II | 2:0 | ||||
| 9. Jornada | 25.09.2016 | SV Wehen Wiesbaden | - | 1. FC Magdeburg | 0:3 | ||||
| 10. Jornada | 01.10.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Holstein Kiel | 1:0 | ||||
| 21. Jornada | 05.02.2017 | 1. FC Magdeburg | - | FSV Zwickau | 1:1 | ||||
| 22. Jornada | 11.02.2017 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | ||||
| 23. Jornada | 18.02.2017 | 1. FC Magdeburg | - | VfL Osnabrück | 3:0 |
Alemania