| 1. Jornada | 14.03.2009 | Lokomotiv Moskva | - | FK Khimki | 1:1 | ||||
| 2. Jornada | 21.03.2009 | Dinamo Moskva | - | FK Khimki | 3:2 | ||||
| 3. Jornada | 03.04.2009 | FK Khimki | - | FK Rostov | 0:1 | ||||
| 4. Jornada | 10.04.2009 | Krylia Sovetov | - | FK Khimki | 3:0 | ||||
| 6. Jornada | 25.04.2009 | Zenit | - | FK Khimki | 4:2 | ||||
| 7. Jornada | 03.05.2009 | FK Khimki | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 2:2 | ||||
| 8. Jornada | 11.05.2009 | Spartak Nalchik | - | FK Khimki | 0:0 | ||||
| 9. Jornada | 16.05.2009 | FK Khimki | - | FK Moskva | 1:1 | ||||
| 10. Jornada | 23.05.2009 | Terek Grozny | - | FK Khimki | 2:0 |  |
|||
| 13. Jornada | 10.07.2009 | FK Khimki | - | FK Saturn | 1:0 | ||||
| 14. Jornada | 19.07.2009 | FK Tom Tomsk | - | FK Khimki | 4:0 |
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