| 3. Jornada | 21.09.2008 | Numancia | - | Villarreal | 1:2 | ||||
| 4. Jornada | 24.09.2008 | Villarreal | - | Real Racing | 2:0 | ||||
| 5. Jornada | 27.09.2008 | Sporting | - | Villarreal | 0:1 | ||||
| 13. Jornada | 30.11.2008 | RC Recreativo | - | Villarreal | 1:2 | ||||
| 14. Jornada | 06.12.2008 | Villarreal | - | Getafe | 3:3 | ||||
| 16. Jornada | 21.12.2008 | Villarreal | - | Barcelona | 1:2 | ||||
| 17. Jornada | 04.01.2009 | Real Madrid | - | Villarreal | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 21.02.2009 | Villarreal | - | Sporting | 2:1 | ||||
| 25. Jornada | 01.03.2009 | Betis | - | Villarreal | 2:2 | ||||
| 26. Jornada | 07.03.2009 | Villarreal | - | Espanyol | 1:0 | ||||
| 28. Jornada | 21.03.2009 | Villarreal | - | Athletic | 2:0 | ||||
| 30. Jornada | 11.04.2009 | Villarreal | - | Málaga | 0:2 | ||||
| 31. Jornada | 19.04.2009 | Valladolid | - | Villarreal | 0:0 | ||||
| 32. Jornada | 23.04.2009 | Villarreal | - | RC Recreativo | 2:1 |  |
|||
| 33. Jornada | 26.04.2009 | Getafe | - | Villarreal | 1:2 | ||||
| 34. Jornada | 02.05.2009 | Villarreal | - | Sevilla | 0:2 | ||||
| 35. Jornada | 10.05.2009 | Barcelona | - | Villarreal | 3:3 | ||||
| 36. Jornada | 16.05.2009 | Villarreal | - | Real Madrid | 3:2 | ||||
| 38. Jornada | 30.05.2009 | Mallorca | - | Villarreal | 2:3 |
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