| 1. Jornada | 22.07.2012 | NK Istra 1961 | - | Hajduk Split | 0:0 | ||||
| 2. Jornada | 29.07.2012 | Slaven Belupo | - | NK Istra 1961 | 3:1 | ||||
| 7. Jornada | 01.09.2012 | NK Zadar | - | NK Istra 1961 | 1:1 | ||||
| 8. Jornada | 15.09.2012 | NK Istra 1961 | - | NK Zagreb | 0:0 | ||||
| 10. Jornada | 29.09.2012 | NK Istra 1961 | - | NK Osijek | 1:3 | ||||
| 11. Jornada | 06.10.2012 | HNK Rijeka | - | NK Istra 1961 | 2:1 | ||||
| 14. Jornada | 02.11.2012 | Dinamo Zagreb | - | NK Istra 1961 | 3:1 | ||||
| 16. Jornada | 16.11.2012 | NK Inter Zaprešić | - | NK Istra 1961 | 2:0 | ||||
| 17. Jornada | 24.11.2012 | RNK Split | - | NK Istra 1961 | 2:1 | ||||
| 21. Jornada | 23.02.2013 | NK Osijek | - | NK Istra 1961 | 0:0 | ||||
| 22. Jornada | 03.03.2013 | NK Istra 1961 | - | HNK Rijeka | 1:1 | ||||
| 25. Jornada | 29.03.2013 | NK Osijek | - | NK Istra 1961 | 0:4 | ||||
| 26. Jornada | 06.04.2013 | NK Zadar | - | NK Istra 1961 | 3:2 |  |
|||
| 29. Jornada | 27.04.2013 | NK Istra 1961 | - | HNK Cibalia | 2:1 | ||||
| 30. Jornada | 04.05.2013 | Slaven Belupo | - | NK Istra 1961 | 1:0 | ||||
| 33. Jornada | 26.05.2013 | NK Istra 1961 | - | Lokomotiva Zagreb | 1:1 |
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