| Grupo F | 15.09.2016 | Rapid Wien | - | KRC Genk | 3:2 | ||||
| Grupo F | 29.09.2016 | KRC Genk | - | Sassuolo | 3:1 | ||||
| Grupo F | 20.10.2016 | KRC Genk | - | Athletic | 2:0 | ||||
| Grupo F | 03.11.2016 | Athletic | - | KRC Genk | 5:3 |  |
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| Grupo F | 24.11.2016 | KRC Genk | - | Rapid Wien | 1:0 | ||||
| Dieciseisavos de final | 16.02.2017 | Astra Giurgiu | - | KRC Genk | 2:2 | ||||
| Dieciseisavos de final | 23.02.2017 | KRC Genk | - | Astra Giurgiu | 1:0 | ||||
| Octavos de final | 09.03.2017 | Gante | - | KRC Genk | 2:5 |  |
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| Octavos de final | 16.03.2017 | KRC Genk | - | Gante | 1:1 | ||||
| Cuartos de final | 13.04.2017 | Celta | - | KRC Genk | 3:2 | ||||
| Cuartos de final | 20.04.2017 | KRC Genk | - | Celta | 1:1 |
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