| 17. Jornada | 22.02.2009 | FK Mladá Boleslav | - | FK Baumit Jablonec | 1:2 | ||||
| 18. Jornada | 02.03.2009 | FK Mladá Boleslav | - | 1. FC Brno | 2:4 |  |
|||
| 19. Jornada | 08.03.2009 | Sigma Olomouc | - | FK Mladá Boleslav | 2:2 | ||||
| 20. Jornada | 15.03.2009 | FK Mladá Boleslav | - | Dynamo České Budějovice | 0:0 | |
|||
| 25. Jornada | 27.04.2009 | Slavia Praga | - | FK Mladá Boleslav | 3:3 | ||||
| 27. Jornada | 11.05.2009 | Baník Ostrava | - | FK Mladá Boleslav | 0:2 | ||||
| 28. Jornada | 17.05.2009 | FK Mladá Boleslav | - | Viktoria Plzeň | 1:1 |  |
|||
| 30. Jornada | 30.05.2009 | FK Mladá Boleslav | - | Sparta Praga | 0:3 |
República Checa