| 3. Jornada | 03.09.2016 | Real Madrid Castilla | - | SD Amorebieta | 3:2 | ||||
| 4. Jornada | 11.09.2016 | SD Amorebieta | - | Real Sociedad B | 0:0 | ||||
| 5. Jornada | 17.09.2016 | Real Unión | - | SD Amorebieta | 1:0 | ||||
| 6. Jornada | 25.09.2016 | SD Amorebieta | - | Albacete | 0:1 | ||||
| 7. Jornada | 01.10.2016 | SD Amorebieta | - | SD Gernika | 3:1 | ||||
| 8. Jornada | 08.10.2016 | SD Leioa | - | SD Amorebieta | 2:3 |  |
|||
| 9. Jornada | 16.10.2016 | SD Amorebieta | - | CF Fuenlabrada | 2:1 | ||||
| 10. Jornada | 23.10.2016 | Rayo Majadahonda | - | SD Amorebieta | 2:0 | ||||
| 18. Jornada | 11.12.2016 | UD Logroñés | - | SD Amorebieta | 2:1 | ||||
| 19. Jornada | 17.12.2016 | SD Amorebieta | - | UD SS Reyes | 2:1 | ||||
| 20. Jornada | 07.01.2017 | SD Amorebieta | - | CDA Navalcarnero | 0:0 | ||||
| 21. Jornada | 15.01.2017 | CD Mensajero | - | SD Amorebieta | 3:2 | ||||
| 22. Jornada | 21.01.2017 | SD Amorebieta | - | Real Madrid Castilla | 2:2 | |
 |
||
| 23. Jornada | 28.01.2017 | Real Sociedad B | - | SD Amorebieta | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 04.02.2017 | SD Amorebieta | - | Real Unión | 3:1 | ||||
| 28. Jornada | 05.03.2017 | CF Fuenlabrada | - | SD Amorebieta | 1:0 | ||||
| 31. Jornada | 25.03.2017 | SD Amorebieta | - | UD Socuéllamos | 4:1 |
España