| 16. Jornada | 02.12.2012 | Elche | - | Villarreal | 1:0 | ||||
| 19. Jornada | 20.12.2012 | Xerez CD | - | Villarreal | 0:0 | ||||
| 22. Jornada | 19.01.2013 | Real Madrid Castilla | - | Villarreal | 5:0 | ||||
| 27. Jornada | 24.02.2013 | Villarreal | - | Las Palmas | 1:1 | ||||
| 35. Jornada | 21.04.2013 | Villarreal | - | Real Racing | 1:0 | ||||
| 38. Jornada | 12.05.2013 | Alcorcón | - | Villarreal | 1:3 | ||||
| 41. Jornada | 02.06.2013 | Barcelona B | - | Villarreal | 0:3 |
España