| 16. Jornada | 24.01.2000 | Paniliakos Pyrgos | - | Panachaiki GE | 0:0 | ||||
| 17. Jornada | 29.01.2000 | Panachaiki GE | - | Olympiacos | 0:2 | ||||
| 18. Jornada | 06.02.2000 | Ionikos Nikea | - | Panachaiki GE | 0:0 | ||||
| 19. Jornada | 14.02.2000 | Panachaiki GE | - | Aris Saloniki | 1:2 | ||||
| 20. Jornada | 20.02.2000 | OFI Heraklion | - | Panachaiki GE | 2:2 | ||||
| 21. Jornada | 27.02.2000 | Panachaiki GE | - | Skoda Xanthi | 1:1 | ||||
| 22. Jornada | 05.03.2000 | Panachaiki GE | - | PS Kalamata | 1:2 | ||||
| 23. Jornada | 12.03.2000 | AO Proodeftiki | - | Panachaiki GE | 2:2 | ||||
| 24. Jornada | 19.03.2000 | Panachaiki GE | - | Panionios GSS | 1:0 | ||||
| 25. Jornada | 26.03.2000 | Apollon Smyrnis | - | Panachaiki GE | 0:0 |  |
|||
| 27. Jornada | 12.04.2000 | AO Trikala | - | Panachaiki GE | 0:1 |  |
|||
| 29. Jornada | 23.04.2000 | PAOK Saloniki | - | Panachaiki GE | 1:1 | ||||
| 30. Jornada | 03.05.2000 | Panachaiki GE | - | Panathinaikos | 1:0 | ||||
| 31. Jornada | 07.05.2000 | Ethnikos Asteras | - | Panachaiki GE | 2:2 | |
|||
| 32. Jornada | 14.05.2000 | Iraklis Saloniki | - | Panachaiki GE | 2:1 | |
|||
| 33. Jornada | 21.05.2000 | Panachaiki GE | - | Paniliakos Pyrgos | 2:0 | |
Grecia