| 2. Jornada | 11.08.2024 | FK Frýdek-Místek | - | FK Hodonín | 3:0 |  |
|||
| 6. Jornada | 08.09.2024 | MFK Karviná B | - | FK Hodonín | 1:2 | |
|||
| 17. Jornada | 11.09.2024 | FK Hodonín | - | 1. SC Znojmo | 1:0 | ||||
| 8. Jornada | 22.09.2024 | FC Zbrojovka Brno B | - | FK Hodonín | 3:0 | ||||
| 9. Jornada | 28.09.2024 | FK Hodonín | - | FK Blansko | 2:2 | ||||
| 10. Jornada | 05.10.2024 | ČSK Uherský Brod | - | FK Hodonín | 2:2 | ||||
| 7. Jornada | 09.10.2024 | FK Hodonín | - | FC Zlín B | 4:2 | ||||
| 11. Jornada | 12.10.2024 | FK Hodonín | - | FC Zlínsko | 2:2 | ||||
| 12. Jornada | 20.10.2024 | SK Uničov | - | FK Hodonín | 0:0 | ||||
| 13. Jornada | 26.10.2024 | FK Hodonín | - | FC Strání | 0:0 | ||||
| 14. Jornada | 03.11.2024 | Hanácká Slávia Kroměříž | - | FK Hodonín | 3:2 | ||||
| 16. Jornada | 16.11.2024 | FK Třinec | - | FK Hodonín | 1:2 | ||||
| 18. Jornada | 09.03.2025 | 1. FC Slovácko B | - | FK Hodonín | 2:2 | ||||
| 20. Jornada | 22.03.2025 | FC Slovan Rosice | - | FK Hodonín | 1:2 | |
|||
| 19. Jornada | 26.03.2025 | FK Hodonín | - | FK Frýdek-Místek | 1:2 | ||||
| 21. Jornada | 29.03.2025 | FK Hodonín | - | TJ Start Brno | 2:0 | ||||
| 22. Jornada | 04.04.2025 | FC Hlučín | - | FK Hodonín | 1:1 | ||||
| 26. Jornada | 03.05.2025 | FK Blansko | - | FK Hodonín | 1:3 |
Eslovaquia