| 20. Jornada | 03.03.2013 | FK Senica | - | MFK Ružomberok | 0:3 | ||||
| 21. Jornada | 08.03.2013 | Zlaté Moravce | - | FK Senica | 0:2 | ||||
| 22. Jornada | 15.03.2013 | FK Senica | - | FC Nitra | 2:1 |  |
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| 23. Jornada | 30.03.2013 | FK Senica | - | FK Dukla Banská Bystrica | 1:1 | |
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| 24. Jornada | 02.04.2013 | 1. FC Tatran Prešov | - | FK Senica | 0:1 | ||||
| 25. Jornada | 06.04.2013 | FK Senica | - | MFK Košice | 0:0 | ||||
| 26. Jornada | 13.04.2013 | MŠK Žilina | - | FK Senica | 0:1 | ||||
| 27. Jornada | 21.04.2013 | FK Senica | - | Spartak Trnava | 3:2 |  |
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| 29. Jornada | 04.05.2013 | FK Senica | - | Spartak Myjava | 0:3 | ||||
| 30. Jornada | 10.05.2013 | FK Senica | - | AS Trenčín | 1:0 | ||||
| 31. Jornada | 18.05.2013 | MFK Ružomberok | - | FK Senica | 3:1 | ||||
| 32. Jornada | 22.05.2013 | FK Senica | - | Zlaté Moravce | 1:0 |
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