| 1. Jornada | 20.09.1999 | Skoda Xanthi | - | Aris Saloniki | 0:0 | ||||
| 2. Jornada | 26.09.1999 | Aris Saloniki | - | Panachaiki GE | 2:0 | ||||
| 3. Jornada | 04.10.1999 | AO Proodeftiki | - | Aris Saloniki | 0:1 | ||||
| 4. Jornada | 16.10.1999 | Aris Saloniki | - | Panionios GSS | 5:1 |  |
 |
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| 5. Jornada | 24.10.1999 | Apollon Smyrnis | - | Aris Saloniki | 3:3 | |
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| 6. Jornada | 31.10.1999 | Aris Saloniki | - | AO Kavala | 1:0 | ||||
| 11. Jornada | 12.12.1999 | Aris Saloniki | - | Ethnikos Asteras | 1:1 | ||||
| 15. Jornada | 17.01.2000 | Aris Saloniki | - | Ionikos Nikea | 1:1 | |
|||
| 16. Jornada | 23.01.2000 | Aris Saloniki | - | PS Kalamata | 6:1 | ||||
| 17. Jornada | 30.01.2000 | OFI Heraklion | - | Aris Saloniki | 2:1 | ||||
| 18. Jornada | 06.02.2000 | Aris Saloniki | - | Skoda Xanthi | 0:1 | ||||
| 21. Jornada | 27.02.2000 | Panionios GSS | - | Aris Saloniki | 1:3 | ||||
| 22. Jornada | 05.03.2000 | Aris Saloniki | - | Apollon Smyrnis | 2:1 | ||||
| 23. Jornada | 12.03.2000 | AO Kavala | - | Aris Saloniki | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 19.03.2000 | Aris Saloniki | - | AO Trikala | 3:3 | |
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| 27. Jornada | 12.04.2000 | Aris Saloniki | - | Panathinaikos | 0:2 | ||||
| 29. Jornada | 22.04.2000 | Aris Saloniki | - | Iraklis Saloniki | 2:1 | |
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