| Segunda etapa | 16.07.2013 | Viktoria Plzeň | - | Željezničar Sarajevo | 4:3 |  |
|||
| Segunda etapa | 23.07.2013 | Željezničar Sarajevo | - | Viktoria Plzeň | 1:2 | |
|||
| Tercera ronda | 30.07.2013 | JK Nõmme Kalju | - | Viktoria Plzeň | 0:4 | ||||
| Tercera ronda | 07.08.2013 | Viktoria Plzeň | - | JK Nõmme Kalju | 6:2 |  |
|||
| Playoffs | 20.08.2013 | Viktoria Plzeň | - | NK Maribor | 3:1 | ||||
| Playoffs | 28.08.2013 | NK Maribor | - | Viktoria Plzeň | 0:1 |
República Checa