| 14. Jornada | 04.11.2006 | 1. FC Magdeburg | - | Hertha II | 2:0 | ||||
| 15. Jornada | 08.11.2006 | 1. FC Union Berlin | - | 1. FC Magdeburg | 1:2 | ||||
| 16. Jornada | 11.11.2006 | 1. FC Magdeburg | - | SV Wilhelmshaven | 3:0 |  |
|||
| 17. Jornada | 18.11.2006 | Bayer Leverkusen II | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | ||||
| 18. Jornada | 25.11.2006 | 1. FC Magdeburg | - | Kickers Emden | 1:1 | ||||
| 19. Jornada | 02.12.2006 | FC St. Pauli | - | 1. FC Magdeburg | 2:0 | ||||
| 20. Jornada | 07.12.2006 | Hamburgo II | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | ||||
| 29. Jornada | 31.03.2007 | Wuppertaler SV | - | 1. FC Magdeburg | 1:3 | ||||
| 30. Jornada | 07.04.2007 | 1. FC Magdeburg | - | Borussia Dortmund II | 2:2 | ||||
| 31. Jornada | 13.04.2007 | VfB Lübeck | - | 1. FC Magdeburg | 0:1 |
Alemania