| 1. Jornada | 18.07.2016 | TSV 1860 München II | - | Ingolstadt II | 2:1 | ||||
| 3. Jornada | 30.07.2016 | VfR Garching | - | Ingolstadt II | 3:1 | ||||
| 4. Jornada | 02.08.2016 | Ingolstadt II | - | FC Memmingen | 1:5 | ||||
| 5. Jornada | 06.08.2016 | SpVgg Greuther Fürth II | - | Ingolstadt II | 3:3 |  |
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| 6. Jornada | 12.08.2016 | Ingolstadt II | - | Bayern Múnich II | 0:0 | ||||
| 8. Jornada | 27.08.2016 | Ingolstadt II | - | SV Schalding-Heining | 1:1 | ||||
| 9. Jornada | 02.09.2016 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | Ingolstadt II | 2:2 | ||||
| 10. Jornada | 11.09.2016 | Ingolstadt II | - | 1. FC Nürnberg II | 0:3 | |
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| 15. Jornada | 15.10.2016 | SpVgg Unterhaching | - | Ingolstadt II | 5:1 | ||||
| 16. Jornada | 22.10.2016 | SpVgg Bayern Hof | - | Ingolstadt II | 1:1 | ||||
| 21. Jornada | 27.11.2016 | Ingolstadt II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 2:0 | |
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| 24. Jornada | 18.03.2017 | Ingolstadt II | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 0:2 |
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